Unter Federführung von Adolf Eichmanns „Zentralstelle für jüdische Auswanderung“ wurden im Oktober 1939 rund 4.000 Juden aus Wien, Mährisch-Ostrau und Kattowitz nach Nisko deportiert. Das Vorhaben, rund 65.000 Juden zu deportieren, wurde bereits Ende Oktober unterbunden und im Dezember 1939 von Reichsführer SS Heinrich Himmler „bis auf weiteres“ untersagt. In seiner Funktion als „Reichskommissar für die Festigung deutschen Volkstums“ räumte Himmler in den annektierten polnischen Gebieten der Ansiedlung Volksdeutscher den Vorrang ein.

Um Wohnraum für „baltendeutsche Rückwanderer“ zu schaffen, wurden im Februar 1940 rund 1.000 Juden aus dem Gau Pommern – hauptsächlich aus Stettin stammend – nach Lublin deportiert. Am Abend des 12. Februar suchten jeweils zwei SA-Männer die jüdischen Wohnungen auf, überwachten das Packen, löschten die Ofenfeuerung und versiegelten die Türen. Die genaue Vorgehensweise wurde in einem ausführlichen Merkblatt erläutert. Es ist umstritten, ob es sich dabei lediglich um eine Einzelaktion des Oberpräsidenten von Pommern handelte, die von der örtlichen Stapoleitstelle mitgetragen wurde, oder ob das Reichssicherheitshauptamt entgegen seiner Beteuerung gegenüber der Reichsvereinigung vorher davon informiert war.

Bei der Deportation von Juden aus Südwestdeutschland 1940 – nach den verantwortlichen NS-Gauleitern auch Wagner-Bürckel-Aktion benannt – wurden seit dem 21. und 22. Oktober 1940 mehr als 6.000 Juden aus Baden und der Saarpfalz in das Camp de Gurs in Frankreich deportiert. Dem besetzten Land wurde die Verpflichtung auferlegt, jüdische Personen aus besetzten Departements ins Landesinnere zu „übernehmen“. Bis Mitte September 1940 wurden so über 23.000 französische Juden und andere missliebige Franzosen aus den besetzten Gebieten deportiert. Die Juden aus Baden und Saarpfalz wurden von den Gauleitern „mitgeschickt“. Adolf Eichmann war persönlich anwesend, um die Züge über die innerfranzösische Demarkationslinie zu geleiten. Nach Auffassung des Historikers Peter Steinbach hatte die Deportation der Juden aus Südwestdeutschland paradigmatischen Charakter für die späteren Deportationen aus ganz Deutschland; die „Judenaktion in Baden und in der Pfalz“ sei von langer Hand vorbereitet worden und habe eine Art „Masterplan“ geliefert.